在长时间使用气相色谱仪之后，分割线的内径逐渐变小或甚至完全阻塞。分割线堵塞后，气相色谱仪入口压力异常，峰形劣化，分析结果异常。在大修过程中，无论是否可以确定分割线是否被阻挡，都需要清洁分割线。气相色谱仪分割线的清洁通常选择有机溶剂，例如丙酮、甲苯。通过气相色谱仪简单的清洁很难清洁严重堵塞的分割线，并且需要一些其他辅助机械方法。通过选择合适的气相色谱仪导线厚度可以简单地解除分流线，然后用有机溶剂如丙酮、甲苯洗涤。由于不容易预先准确地判断转向部分的状态，因此在大修过程中手动分离的气相色谱仪必须清洁分流管线。