1、安全性：如果选择EB替代染料，那么染料的安全性就是一个非常重要的指标。安全性评估主要的检测有Ames测试、细胞渗透性实验、染色体畸变和正向突变分析、口服毒性分析等。在安全性方面，具有较多检测项目和机构出具检测报告的核酸染料，安全性可能会更高；另外在一些报道或对比数据中，我们也可根据它们可能的原料来判断它们的安全性。

  2、 稳定性：核酸染料的稳定性和在各种条件下的染色效果，会直接影响观察到的染色结果。

  3、灵敏度：几乎所有的EB替代染料都其染料的灵敏度至少不低于EB，甚至高于EB，具体到试验内容上，只要不是有特殊的需求，一般都能满足。

  4、迁移率：由于核酸染料最终都会结合到DNA上，才能通过染料从而对DNA进行分析，这也就意味着如果采用点染法或胶染法进行核酸检测时，根据使用的染料不同，核酸染料或多或少会对核酸的迁移率甚至带型产生影响。